Талантливый учёный возглавлял кафедру общей и экспериментальной физики физического факультета, участвовал в испытаниях первой советской атомной бомбы на Семипалатинском полигоне. Яков Порфирьевич - ветеран Великой Отечественной войны, награжден орденом Ленина, орденом Отечественной войны II степени, входит в список «100 выдающихся ярославцев». 

Кафедру общей и экспериментальной физики Яков Порфирьевич Докучаев возглавил в 1978 году. Вёл учебные занятия по курсам «Основы атомной и ядерной физики», «История физики» и «Астрофизика», написал более ста научных работ, в том числе в области астрофизики, а также учебник по атомной физике для вузов. В 1949 году Яков Порфирьевич стад участником испытания первой советской атомной бомбы на Семипалатинском полигоне. В его задачу входило измерение α-активности препаратов, взятых из центра ядерного взрыва. За участие в первом испытании атомного оружия Я. П. Докучаев был удостоен ордена Ленина, который ему вручил академик И. В. Курчатов.

Из статьи «Танкист, испытатель атомной бомбы и профессор ЯрГУ» (журнал «Демидовский университет» №2 (82) 2014): 

«Яков Докучаев всегда интересовался вопросом происхождения жизни на Земле и поэтому после школы решил поступать в Казанский государственный университет на специальность «Органическая химия», где преподавали известные тогда академики Арбузовы. Яков Порфирьевич и его мать схитрили: в справке в графе «происхождение» пришлось написать «из крестьянской бедноты», хотя он был внуком кулака.

Начало войны Яков Порфирьевич встретил в читальном зале библиотеки. К тому времени за плечами у него было уже три года обучения в университете. В военное время он участвовал в боевых действиях на Калининском и Северо-западном фронтах как командир танка. Еще во время войны Лаврентий Берия поручил академику Игорю Курчатову руководство проектом разработки советской атомной бомбы. В крупнейших вузах страны были в срочном порядке укомплектованы профильные группы из студентов четвертых курсов, и в ноябре 1945 года Яков Докучаев оказался в составе спецгруппы примерно из 30 человек. Яков Порфирьевич вспоминает, как собирали группу для Курчатовского проекта: «Практически все студенты, как и научные сотрудники университетов, были на фронте. Ко мне приехал лейтенант, разведчик, и сказал: «Ползи в штаб, а я тебя охранять буду». А в штабе сказали, чтобы я быстро собирал вещи. Самолет уже ждал меня».

После этого практически четверть века Яков Порфирьевич выпускал свои научные труды под грифом «Совершенно секретно». После завершения проекта он участвовал в испытаниях атомной бомбы. А в 1978 году он стал профессором физического факультета ЯрГУ. У Якова Порфирьевича около 100 научных публикаций, среди которых и «Воспоминания об испытании 1-ой плутониевой бомбы в СССР». В он университете проработал до 2007 года, но до глубокой старости сохранял пытливость ума и любил рассуждать на тему существования жизни на Марсе.»

Центр гуманитарных проектов ЯрГУ