В соответствии с Уставом университета, непосредственное управление деятельностью Университета осуществляет ректор. Ректор Университета избирается тайным голосованием на конференции на срок до пяти лет по результатам обсуждения программ претендентов (претендента) на должность ректора или на основе отчета действующего ректора. Ректор несет полную ответственность за работу университета перед Ученым советом Университета, Министерством образования и науки Российской Федерации.

Исполнение части своих полномочий ректор может передавать проректорам и другим руководящим работникам Университета. Своим приказом, ректор назначает проректоров. Проректоры принимаются на работу по трудовому договору, срок окончания которого совпадает со сроком окончания полномочий ректора. Распределение обязанностей между проректорами и другими руководящими работниками устанавливается приказами ректора, который доводится до сведения всего коллектива Университета. Количество проректоров определяется ректором Университета, исходя из объективной необходимости с целью повышения качественной подготовки специалистов и развития Университета. Статус проректора определяется соответствующими должностными инструкциями, утвержденными ректором.

Русаков Александр Ильич - ректор, доктор химических наук, профессор, почетный работник высшего образования России, награжден Почетным знаком губернатора ЯО "За заслуги в науке"

Помощники:

• Пайкова Наталия Николаевна, помощник ректора
• Биркган Марина Борисовна, помощник ректора, тел. 73-21-50
• Серебрякова Лариса Валентиновна, ведущий менеджер ректората, телефоны для справок 79-77-02, 79-77-94
• Ефимова Ирина Валерьевна, помощник ректора, тел 79-77-20
• Запруднов Сергей Альбертович, помощник ректора, тел. 79-77-02

Кащенко Сергей Александрович - первый проректор, доктор физико-математических наук, профессор, почетный работник высшего профессионального образования РФ

Помощник:

• Трубникова Наталия Алексеевна, помощник первого проректора, тел. 79-77-90

Кузнецова Ирина Александровна - проректор по учебной работе, доктор физико-математических наук, профессор

• Рыжникова Ирина Евгеньевна - помощник проректора по учебной работе, тел. 79-77-34

Кириллов Михаил Юрьевич - проректор по информационно-техническому обеспечению и безопасности

• Жемчугова Ирина Владимировна, помощник проректора по информационно-техническому обеспечению и безопасности, тел. 79-77-87;
• Филиппова Неля Новомировна, помощник проректора (по работе с общежитиями), тел. 78-86-64;
• Гуничев Виталий  Анатольевич - помощник проректора по информационно-техническому обеспечению и безопасности,  тел. 79-77-71
  

Киселёв Андрей Николаевич - проректор по развитию инновационной инфраструктуры

• Маланочкина Ксения Ивановна - помощник проректора по развитию инновационной инфраструктуры   
  

Чистяков Михаил Валерьевич - проректор по стратегическому развитию, кандидат физико-математических наук, доцент, тел. 79-77-79

Брюханов Юрий Александрович - советник ректората, доктор технических наук, профессор, почетный работник высшего образования России, заслуженный деятель науки Российской Федерации, действительный член Международной Академии информатизации, действительный член (академик) Международной академии наук высшей школы, награжден Орденом дружбы в 2002 г., тел. 79-77-05.